明治神宮の中には「明治神宮御苑（神宮御苑）」と呼ばれる場所がありました。
ここは江戸時代から大名下屋敷の庭園として使われ、明治時代に宮内省の所轄となり代々木御苑と呼ばれていました。苑内には隔雲亭、お釣台、あずまや、菖蒲田、清正井などがあります。

明治神宮が出来る前はこの辺り一帯は南豊島御料地（皇室の所有地）といって、現在の御苑一帯を除いては畑がほとんどで、荒れ地のような景観が続いていたそうです。
造営当初、植樹された樹木の種類は365種でしたが、東京の気候にそぐわない種類もあり、現在では246種類にりました。今や、東京ドーム 15個分の境内に17万本もの木々が豊かに生い茂る貴重な自然林の姿をなしています。御鎮座50年を機に境内の樹木の調査を行ったところ、わずか半世紀で自然の状態になっていることが解ったそうです。 明治神宮創建当初、何を植えたら立派に育つか、また100年後自然の状態になっていくのか、当時の学者たちが考えた結果、椎・樫などの照葉樹を植えることに決定しました。
大正時代、すでに東京では公害が進んでいて、都内の大木・老木が次々と枯れており、照葉樹でなければ育たないと結論づけたのです。
これが明治神宮境内の樹木に椎や樫、楠が多く、伊勢の神宮や日光東照宮のような杉や檜が少ない理由です。